花蓮高商商業經營科旨在培養花東地區學子在商業領域中所需的知識和技能。課程內容包含各種商業相關主題，如會計、市場行銷、管理學、企業法律、財務管理、人力資源管理、商業倫理、數位科技等。學生也可能學習有關金融投資、文創商品、專題實作和商業溝通等相關主題。

 　　為了幫助學生更好地理解商業運作，商業經營科通常包括實習機會或實習實作課程，並邀請花蓮地區知名企業業師入班協同授課，讓學生有機會在實際商業環境中應用他們所學的知識和技能。

• 商經專業課程：商業概論、經濟學、會計學等

• 電腦資訊課程：電腦打字實務、數位科技概論等

• 商經特色課程：文創商品巧手做、商業簡報進階等

• 語文系列課程：國語文、生活英語會話、英文閱讀寫作等

• 實務技能課程：如專題實作、門市經營實務等